Como piden los libros de guión, la película, escrita y dirigida por Shanley a partir de su obra teatral homónima presenta, en su primera escena, todos los elementos del drama. Durante una misa celebrada en un colegio religioso, el padre Flynn (Philip Seymour Hoffman, camino a su tercera nominación en cuatro años) ofrece un sermón, referido a la duda moral. Lo expone de modo brillante y polémico, haciendo mención al cataclismo de la fe pública que produjo, un año antes, el asesinato de Kennedy. Mientras tanto, una sombra terrible se pasea por un pasillo lateral, en busca de infractores. Es la hermana Aloysius, madre superiora del colegio (Meryl Streep, camino a su enésima nominación), que traspasa a desatentos, charlatanes y dormilones con una mirada flamígera, que asusta al espectador tanto o más que a ellos.
Contradiciendo su título, La duda no apunta a sembrar dudas sino, como todo alegato, a señalar a víctimas y victimarios con la mayor claridad posible. Desde el momento mismo de su aparición hasta un niño advertiría que la hermana Aloysius es un monstruo. Tan severa como para imponer a su alrededor silencios sepulcrales, de gesto avinagrado y observando a alumnos y profesores desde la posición de un kapo de campo de concentración, Meryl Streep la compone como si se tratara de una Cruella DeVille con sotana. Sospechando del padre Flynn desde antes de que suceda nada, bastará que la hermana James le informe que el cura llamó a un alumno a su despacho, y que el chico volvió con olor a vino, para que la madre superiora se convierta en Torquemada, dando sospechas por hechos.
En sintonía con la agenda temática del día, La duda explicita la oposición entre intolerancia y libertad de pensamiento de modo temprano, y por las dudas el padre Flynn la pone en palabras textuales. Así como no hesita en mentir para conseguir sus fines, la hermana Aloysius no tiene el más mínimo problema de conciencia (hasta la escena final, al menos) a la hora de poner en peligro la continuidad académica del niño sospechado. Que, para más datos, es, en plenas luchas por los derechos civiles, el primer chico negro integrado a ese muy tradicional colegio religioso del este de los Estados Unidos. Hasta los detalles más nimios están puestos para reforzar el mensaje. En el despacho de la madre superiora, una lamparita se apaga, como si se tratara de la luz de Dios que titila. Cuando se evalúa la expulsión del padre Flynn, alguien aparece con una laucha recién cazada. Cuestión de que el espectador relacione la intolerancia de antes con la de ahora, cuando en nombre de Dios se emprenden otras cruzadas, también basadas en presunciones, mesianismos y falsedades.